Лікувальна робота в лікарні не можлива без роботи відділення функціональної діагностики, тому що якісне лікування потребує вчасно виявленої патології.

В міській дитячій лікарні працює обладнаний сучасним обладнанням кабінет ендоскопічених досліджень, де проводиться бронхоскопія – обстеження бронхів, колоноскопія – обстеження товстого кишківника, езогастродуоденоскопія  - обстеження стравоходу, шлунку, дванадцятипалої кишки.

Також тут функціонує 3 кабінети ультразвукових обстежень, де обстежують дітей всіх вікових груп, проводять різноманітні ультразвукові обстеження, які дозволяють вчасно поставити діагноз і обмежити додаткове використання променевих методів дослідження, також проводяться інтраопераційні обстеження, пункційні обстеження під контролем ультразвуку.

Крім того працює 2 кабінети функціональних досліджень – кардіологічного і нейрофізіологічного профілю. Крім базових обстежень – ЕКГ, ЕЕГ, проводиться електроміографія, Холтер-ЕКГ, Холтер –АТ – це дослідження роботи серця і контроль тиску на протязі доби. Проводиться спірографія – дослідження системи дихання із різноманітними пробами для хворих із бронхіальною астмою для призначення коректного лікування, полісонмографія – діагностика нічних апное.